全世界を巻き込んだ第三次世界大戦。
その結果、極東の島国「大和」は、超大国「ユナイト」の占領下となる。
遺伝子工学の進歩により、人類は、性別を自由に選択できる技術「TRANS（トランス）」を生み出した。
これにより、人類は自分の意志により、完全に性別の変更が行えるようになった。
しかし、「TRANS」の施術を受けた者のなかには、エラーとも呼べる特殊能力を持つものが現れるようになる。
人知を超えた様々な特殊能力。人はその能力を持つ人たちを、「HELI-X(ヘリックス)」と呼んだ。
HELI-Xによる犯罪が社会問題となるなか、大和自治軍のなかに、HELI-X犯罪を専門に扱う、「螺旋機関」が設立された。
元大和自治軍の軍人であるアガタ（菊池修司）と、恋人を失い暗殺者として生きてきたゼロ（玉城裕規）。
前作で運命的な出会いを果たした２人。
今作では、螺旋機関の捜査員としてバディとなり、新たな事件を追う。
そしてまた、それぞれの運命の螺旋が、絡み合う。
