幕開きは鐘の音、場面は過去、９年前に遡る。有賀涼（井澤勇貴）の過去、そして一嶋 晴海（中原裕也）との出会いが描かれる。「暗殺はお手のものですね」と有賀に言う一嶋 、彼との出会いが有賀の運命を変える。それから加々美いつき（杉江大志）らが登場し、派手なアクション、加々美は自分の身体が思い通りにならない、自分の意志とは裏腹に銃を向ける。加々美の脳には敵方によってチップが埋め込まれている。前作を観劇したファンなら、そこの事情は知っていること。そして夢から醒める加々美、悪い夢であった。チップを取り出さなければ、また乗っ取られる。手術をして摘出すればいいのだが、それは99％の確率で直近の記憶を失うことになる、もちろん有賀との記憶も。そんな有賀と加々美に卒業ミッションが与えられるが、それは暗殺、そのターゲットは驚愕の相手だ。驚きを隠せない２人、しかし、ミッションを遂行しないと卒業出来ない。有賀は一嶋に問いかける「あなたの真意を教えてください」と。
