昨今、街中で刀を振り回し、暴れる犯罪者が増えている。犯人を確保すると決まって「記憶が無いのに斬りつけていた」と動機がないものばかり。刀が怪しき力によって取り憑かれた者たちが起こした事件なのだ。事態を重く見た警視庁は銃刀特別対策課―通称“抜刀課”が設立し、志願した「警視庁最強剣士」である切通 弥と、居合が得意なムードメーカーの架光隼人らを配属した。新設されて間もない抜刀課には、ひとクセもふたクセもあるメンバーが所属している。
特別武器取扱係である兎茶 護は、可愛らしい外見をした育ちの良さそうな青年。抜けているように見えて掴みどころのない青年で、知略に長けている。
実務担当の乾 小町は、抜刀課に所属する20歳の美人剣士。剣の腕前も確かなもので、得意な小太刀 を使った闘いで活躍する。刀の神秘、背負う魔力は科学捜査が全盛である警視庁の面々には理解されない仕事だ。切通 弥や架光隼人が奔走するも事件が収まる気配はない。旧家の家族会議の最中に長男が刀を振り回した事件、騒ぎを聞きつけて駆けつけた袴田も取り憑かれてしまった事件、取調室にて被疑者が隠し持っていた刀を振り回して暴れた事件等、収拾がつかない程だ。 池袋の公園に会社員が日本刀を持って大暴れしているという通報を受け、防刃ジャケットを着て駆けつける切通たち。刀を持ち、対峙しようとした時、 お互いを「武蔵坊」、「九郎様」と呼び合う、不可思議な、人間離れをした力をもつ二人組の青年と遭遇。刀を目の前で“消し 去る”力を間のあたりにし、なすすべもなく取り逃がしてしまう。
また、祖母から譲り受けた回禄刀を持っているが故に村八分にされた高校生・六人部真名の相談を受けた切通。彼は自身が抱く「母親が刀によって惨殺され味わった孤独さ」と真名の現状を重ねる。事態解決へと向かった村に再び現れた義経と弁慶、結果真名の大事な刀を奪われてしまう……。
2025年2月をもって、建て替…